Sungai Anai merupakan salah satu dari lima desa di Kecamatan Kayan Hilir, Kabupaten Malinau, Kalimantan Utara yang terbentuk pada tahun 1960-an. Pada saat itu masih bernaung di Kabupaten Bulungan, Kalimantan Timur. Perpindahan penduduk sekala kecil terus berlangsung di desa karena kondisi dan tekanan hidup yang kian sulit. Beberapa masyarakat memilih pindah mendekati akses ekonomi, pendidikan dan kesehatan ke arah Tanjung Selor dan Malaysia.

Penduduk Sungai Anai saat ini sebelumnya merupakan penduduk desa Long Metun. Dalam rentang waktu tahun 1960-1970 terjadi perpecahan di desa Long Metun menjadi 2 kelompok. Di mana satu kelompok memilih tetap tinggal dan menetap di wilayah pemukiman desa Long Metun dan satu kelompok lain memilih pindah ke bagian hulu sungai Long Metun. Tepatnya di Sungai Anai, cabang kanan mudik sungai Metun. Inilah cikal-bakal terbentuknya desa Sungai Anai. Hal-hal yang melatarbelakangi perpecahan penduduk menjadi dua wilayah pemukiman yang berbeda ini adalah tanda-tanda alam, seperti pada saat itu terjadi kebakaran pada rumah panjang akibat petir. Tanda-tanda dan fonemena alam seperti hewan elang, ular, dsb yang menurut kepercayaan pada saat itu adalah pertanda buruk dan mengancam kehidupan. 

Di zaman orde baru munculah sebuah program resetelment penduduk yang mendorong perpindahan dalam skala besar di desa Sungai Anai. Tepatnya di tahun 1982-1983, dengan dukungan pemerintah berupa bahan BBM untuk mesin ketinting, dan pemikiran lokal bahwa di daerah baru kehidupan akan lebih baik. 

Masyarakat Sungai Anai meninggalkan desanya menuju hilir sungai kayan selama berbulan-bulan hingga akhirnya menetap di Desa Metun Sajau, Kecamatan Tanjung Palas, Kabupaten Bulungan, Kalimantan Timur. Tidak jauh dari kota Tanjong Selor sekarang. Pada saat itu hanya beberapa penduduk saja yang memilih bertahan tinggal menetap di desa Sungai Anai saat ini.